Via politieke lobby zet de Sophia-Vereeniging zich in voor adequate dierenbeschermingsregels in Nederland en een strenge controle daarop. Daarbij werkt zij regelmatig samen met andere dierenwelzijnsorganisaties.
In 2009 startte de Sophia-Vereeniging een lobbytraject om de problemen bij het fokken van rashonden aan de kaak te stellen. De focus op extreme uiterlijke kenmerken brengt veel dierenleed met zich mee: ademhalingsproblemen door een te korte snuit, eczeem door overmatige huidplooien, ondraaglijke pijn door een schedel die te klein is voor de hersenen. Ook is er vaak sprake van inteelt, met erfelijke afwijkingen zoals kanker en doofheid tot gevolg. De Sophia-Vereeniging pleit voor duidelijke overheidsregels voor het fokken met rashonden. Daaraan moet een verantwoord fokbeleid ten grondslag liggen dat niet het uiterlijk, maar het welzijn van de rashonden centraal stelt.
Ook andere rasdieren zouden gebaat zijn bij meer wettelijke bescherming, zoals een verbod op rasdierenshows. Hier worden de dieren met de meest extreme uiterlijke kenmerken uitgeroepen tot kampioen. Dat deze ‘kampioenen’ vaak ernstig lijden onder hun uiterlijk, wordt buiten beschouwing gelaten. Sterker nog: er wordt op grote schaal mee gefokt omdat de nakomelingen veel geld opleveren. De Sophia-Vereeniging vindt dat er een einde moet komen aan dit uiterlijk vertoon, ten koste van het welzijn van de dieren. Naast politieke lobby voor een showverbod wijst zij (potentiële) eigenaren op de risico’s van een rasdier. Want wie een gezond huisdier wil, kan rasdieren beter mijden.
Ook brengt de Sophia-Vereeniging het zelf doden van huisdieren onder de aandacht. Dat is in Nederland niet verboden, door een gat in de wet. Huisdiereigenaren kunnen hun kat, konijn of cavia dus straffeloos doodmaken als ze er niet meer voor willen zorgen. Ook dierenfokkers maken dankbaar gebruik van deze maas in de wet. Zij doden de dieren die geen perfect uiterlijk hebben, want die leveren minder geld op. de Sophia-Vereeniging vindt dat de overheid maatregelen moet nemen en stuurde een brandbrief naar de verantwoordelijke ministers. Vooralsnog is het zelf doden van huisdieren echter nog steeds niet strafbaar.
Samen met het Comité Dierennoodhulp en Stichting Rechten Voor Al Wat Leeft protesteerde de Sophia-Vereeniging tegen de nieuwe Regeling Agressieve Dieren. Deze regeling zou bijtincidenten moeten voorkomen, door iedere hond die van agressief gedrag verdacht werd in beslag te nemen en aan een gedragstest te onderwerpen. Het protest van de Sophia-Vereeniging was succesvol: de nieuwe Regeling Agressieve Dieren is definitief van de baan. De vereniging zet zich nu in voor een verplicht opvoedbewijs voor hondeneigenaren. Want het aantal hondenbeten kan alleen dalen als niet de honden, maar de eigenaren worden aangepakt.
De Sophia-Vereeniging participeert actief in de Dierencoalitie. De 23 deelnemende dierenbeschermingsorganisaties gingen in 2006 samenwerken, als reactie op en protest tegen de plannen om de Gezondheids- en Welzijnswet voor Dieren te vervangen door een nieuwe Wet Dieren. In die Wet Dieren staan namelijk niet de belangen van het dier voorop, maar die van de gebruikers van dieren. De Dierencoalitie vindt dat de overheid haar verantwoordelijkheid moet nemen op het gebied van dierenwelzijn. Zij pleit voor zelfstandige dierenbeschermingswetgeving waarin de intrinsieke waarde van dieren leidend is.